В промытый и очищенный глаз прямо на роговицу наносят мазь в малом количестве (1/2-1 см). Делают это через каждые 12 часов. Через 10 дней усиливается продуцирование слезной жидкости, которое достигает максимума иногда за 6 недель.
Чтобы не снижать терапевтический эффект, нельзя пропускать введение лекарства.
При паннусе эффект препарата может снижаться из-за факторов окружающей среды, например, из-за уменьшения количества ультрафиолета при пониженной солнечной активности. В этот период можно отложить лечение препаратом до времени, когда погодные условия станут благоприятными. При длительной терапии Оптиммуном не повышается восприимчивость глаза к микробным инфекциям. При сухом кератоконьюнктивите эффективность лекарства не определена.